Eine Vielzahl verschiedener Bedenken scheinen Opposition gegen Scientology ausgelöst zu haben, darunter jene, die gewöhnlich im Zusammenhang mit neuen Religionen im Allgemeinen geweckt werden.
Erstens mag Scientology Verdacht erregen, weil sie beansprucht, spirituelle Einsichten durch die Anwendung rationaler Verfahrensweisen zu erlangen. Diejenigen, die traditioneller Religion verpflichtet sind, betrachten religiöse Werte im Allgemeinen als gänzlich den Bereich des Rationalen überschreitend; sie mögen sich durch die Idee angegriffen fühlen, dass religiöse Wahrheiten oder spiritueller Nutzen durch technische Mittel erreicht werden können – Mittel, die anders sind als ihre eigenen geheiligten Konzepte von Gottesverehrung und Moral. Rationale Verfahrensweisen und systematisches Lernen kennzeichnen eher Wissenschaft, Technik und Wirtschaft als das Streben nach uralter religiöser Wahrheit oder spiritueller Erfahrung. Da Scientology spirituelle Ziele und rationale, technische (und in der Tat technologische) Mittel vereinigt, neigen diejenigen, die der etablierten Religion verpflichtet sind, dazu, die Scientology als eine nicht „echte“ Religion zu verdammen. Sie betrachten Scientology als unecht, weil sie modernes Wissen statt uralter Formeln verwendet, übliche religiöse Konzepte wie die der Heiligkeit und des Rituals minimiert oder darauf verzichtet und sich eine pragmatische Orientierung hinsichtlich der Verfolgung religiöser Ziele zu eigen macht. Ohne sich klar zu machen, in welchem Ausmaß alle religiösen Organisationen auf religiöse Gaben und Schenkungen angewiesen sind, erachten sie den Umstand, dass in Scientology die Anhänger einen finanziellen Beitrag zu den Kosten ihrer Unterweisung leisten müssen, als zu kommerziell und geschäftsmäßig; es gehe zu direkt um das Bezahlen für Dienstleistungen, als dass es einer Religion noch angemessen wäre. Daher werden die wirtschaftlichen Arrangements der Scientology als ausbeuterisch dargestellt, wodurch sie die Bewegung als Religion disqualifizieren. Derartige Kritik verkennt, dass in etablierten Kirchen von den Anhängern zwangsläufig obligatorische Beitragsleistungen gefordert werden, wie beim Bezahlen für eine Messe in der Katholischen Kirche, bei der Zusicherung einer regelmäßigen Spende in einigen protestantischen Religionsgemeinschaften oder bei der Forderung des Zehnten durch die großen Kirchen in der Vergangenheit, der in zahlreichen christlichen Sekten immer noch erhoben wird. Diese Beitragsleistungen scheinen nur deshalb andersartig zu sein, weil die Zahlungsmodalitäten oft von alters her geheiligt oder durch biblische Legitimation sanktioniert sind. Kritiker der wirtschaftlichen Arrangements der Scientology Kirche ignorieren die grundlegende funktionale Ähnlichkeit der wirtschaftlichen Verfahrensweisen der traditionellen Religionen einfach nur wegen der unterschiedlichen Form und wegen des Mantels der Althergebrachtheit und Unantastbarkeit, in den sie üblicherweise gekleidet sind.
Zweitens verspricht Scientology therapeutischen Nutzen dadurch, dass der Einzelne von den Auswirkungen vergangener traumatischer Erfahrungen entlastet wird. Dieses Versprechen mag den herkömmlichen Praktikern der psychiatrischen Medizin wie eine Kampfansage sowohl gegen die theoretischen Annahmen ihres Faches als auch insbesondere gegen die Techniken, die sie verwenden, erscheinen. Somit liegt es bei zwei Berufsgruppen nahe, dass sie zu Widerstand gegen Scientology ermuntern werden: den Klerikern und den Psychiatern, denen beiden eigennützige Interessen in diesen Angelegenheiten unterstellt werden können; und beide haben eine größere Anhängerschaft in ähnlichen Berufsgruppen (Lehrer und Mediziner beispielsweise) und ein noch größeres Laienpublikum, das sie beeinflussen können.
Drittens beschließen einige von denen, die mit Scientology beginnen, sich weiterer Ausbildung zu unterziehen, um qualifizierte Scientology Auditoren zu werden, wodurch sie auf herkömmlichere Berufschancen verzichten. Eltern, Verwandte und Freunde, die mit Scientology nicht vertraut sind, können aufgrund einer derartigen Entscheidung beunruhigt sein. Wenn Entfremdung von Familie und Freundeskreis auf eine derartige religiöse Entscheidung folgt, wie es manchmal der Fall war, dann bietet das jenen weitere Munition, welche gegen diese neue Religion sind – sie wird in ihrer Sicht zu „einer Sekte, die Familien zerstört“.
Die Scientology Kirche besteht demgegenüber darauf, dass spirituelle Gewinne auch im gegenwärtigen Leben erlangt werden können. Sie argumentiert, dass alle Wesen im Grunde gut sind, und lehrt, dass jeder für sein eigenes Leben und seine Handlungen Verantwortung übernehmen sollte.
Viertens mag ein eher allgemeiner und nicht klar abgegrenzter Aspekt der kulturellen Ethik der Scientology weitere Gegnerschaft hervorrufen. Das traditionelle Christentum schleppt eine weitgehend asketische Einstellung gegenüber der Welt mit sich und hat, weit über die Grenzen der Kirchen und ihrer Glaubensgemeinschaften hinaus, Annahmen über den grundlegenden Charakter echter Religion herausgebildet, und zwar, dass Religion ernst und feierlich sein, eine asketische Ethik fördern und sich der Opferung weltlicher Annehmlichkeiten widmen müsse, im Interesse der Vorbereitung auf Belohnung im Jenseits. Der vorherrschende Gedanke war, den Menschen mit einem Gefühl zu durchtränken, dass er von Geburt aus sündhaft sei und unfähig, durch seine eigenen Bemühungen Erlösung zu erreichen. Stattdessen wurden die Menschen ermahnt, sich nur auf den Erlöser-Gott zu verlassen. Die Scientology Kirche besteht demgegenüber darauf, dass spirituelle Gewinne auch im gegenwärtigen Leben erlangt werden können. Sie argumentiert, dass alle Wesen im Grunde gut sind, und lehrt, dass jeder für sein eigenes Leben und seine Handlungen Verantwortung übernehmen sollte. Eine Religion, welche die innewohnende Sündhaftigkeit des Menschen zurückweist, ist für die Kirchen schon ein Affront, und sie fühlen sich trotz der Tatsache provoziert, dass die Ethik der Scientology viel größere Gemeinsamkeiten mit dem Ethos aufweist, das in der säkularen westlichen Welt des späten 20. Jahrhunderts vorherrscht – ein Ethos des liberalen Hedonismus, das menschliches Glück betont und die Menschen ermutigt, ihr volles Potenzial zu verwirklichen. Selbst viele nicht-religiöse Menschen, die eine säkulare hedonistische Orientierung der Welt gegenüber akzeptieren, sind nicht bereit, eine Lehre als Religion anzuerkennen, die die tiefe Verdammung der ganzen Menschheit als Sünder aufgibt. Sowenig diese Menschen die traditionelle christliche Position auch bewusst akzeptieren mögen, sie lehnen trotzdem eine Religion ab, die in diesen fundamentalen Fragen davon abweicht. Weil einige noch nicht bereit sind, die traditionelle Weltsicht aufzugeben, und weil andere glauben, dass es der Auftrag der Religion sei, die Ethik zu unterstützen, selbst wenn sie selbst diese nicht befolgen, ergibt sich, dass sehr unterschiedliche Teilbereiche der allgemeinen Öffentlichkeit im Widerstand gegen die neue Religion der Scientology vereint sind.
