Weltweit gesehen ist die Scientology Kirche in Form verschiedener Kirchen strukturiert, die je nach Status und Größe verschiedene Namen haben.
Die unterste Ebene besteht aus Gruppen und Missionen der Scientology und Dianetics. Dabei handelt es sich um kleine Scientology Gemeinden unter der Führung von einem oder mehreren ordinierten Geistlichen, die elementare Dienste wie spirituelle Beratung und religiöse Zeremonien durchführen. Sie kommen zusammen, um auf dieser untersten Ebene die Schriften der Scientology zu studieren. Sie können keine Geistlichen ordinieren oder auf ihr Amt vorbereiten und auch nicht die religiösen Auditing-Dienste auf den OT (Operating Thetan) Stufen durchführen.
Die nächste Ebene wird durch die Scientology Kirchen gebildet. Diese können Geistliche auf ihr Amt vorbereiten und ordinieren und Auditing bis zur Stufe Clear durchführen.
Darüber befinden sich die fortgeschrittenen Kirchen. Sie bilden Geistliche der höchsten Stufe aus und geben seelsorgerische Beratung zur Erlangung einiger der Stufen des Operating Thetans.
Die Scientology Kirche Flag Service-Organisation in Clearwater, Florida, USA, ist die höchste der fortgeschrittenen Organisationen. Sie bildet Leute als Geistliche auf höchster Stufe aus, und Scientologen gehen an diesen Ort, um zu hohen OT Stufen aufzusteigen.
Die auf dem Schiff Freewinds in der Karibik beheimatete Scientology Kirche ist eine Besonderheit. Sie gibt Dienste zur Erlangung einer bestimmten OT Stufe, die in anderen Kirchen nicht erreicht werden kann.
Eine solche Gestaltung religiöser Dienste ist praktisch in jeder bekannten Religion vorhanden, da die verschiedenen Vorbereitungsstufen für das Amt von Geistlichen nicht in allen Zentren, sondern nur in den zentralen Institutionen zugänglich sind (Rom, Tibet, Tel Aviv, Mekka). Hier können die Missionare, Mönche oder Priester die höchste Stufe der Ordination erlangen.
Was die religiöse Gemeinde der Scientology betrifft, handelt es sich hier um eine wirkliche Gemeinde aus Geistlichen und Religionsanhängern, die in einer Gemeinschaft leben und sich völlig dem Ziel der Kirche widmen, wobei sie weltliche Störungen und Eitelkeiten zurücklassen.
Und schließlich gibt es die See-Organisation, benannt nach der ursprünglichen Crew jener Schiffe, die in den Anfangszeiten unter dem Kommando ihres Gründers standen. Sie hat weltweit fünf Hauptsitze, die mit mehreren Aufgaben betraut sind. Gleichwohl existieren Missionarsgruppen und Mitglieder in verschiedenen Ländern, in denen Scientology vertreten ist. Diese fünf Hauptsitze befinden sich in East Grinstead (Großbritannien), Kopenhagen, Los Angeles, Clearwater (Florida) und Sydney. In diesen fünf Hauptsitzen ist der Gemeinschaftsgeist, der sich der missionarischen und seelsorgerischen Arbeit widmet, wirklich spürbar. Obwohl es für die Geistlichen der Scientology Kirche keine Pflicht zum Zölibat gibt, gleichen diese Gemeinschaften in ihrer Funktion und ihrem Engagement vielen Gemeinschaften anderer Religionen, einschließlich der katholischen Kirche. Die Mitglieder der See-Organisation leben nach einem bestimmten Moralkodex, wozu sehr ethische und monogame Intimbeziehungen sowie die vollkommene Abstinenz hinsichtlich des Konsums irgendeiner Droge und die völlige Widmung seines Lebens zur Erreichung der religiösen Ziele gehören.
Die Ausbildung von Geistlichen der höchsten Stufen, das Auditing zur Erlangung der höchsten OT Stufen, das Geben von Diensten auf den höchsten Stufen der Organisation und die Verantwortung für das ethische Niveau von Scientology auf internationaler Ebene obliegt natürlich den Mitgliedern des religiösen Ordens namens
